เครื่องมือออนไลน์สำหรับตรวจสอบ DNA sequence


จากบันทึกเมื่อวานที่เว็บไซต์ ONLINE ANALYSIS TOOLS ของ Dr. Andrew Kropinski   ในส่วนของ Alignments มีข้อมูลลิงค์เพียบดีจริงๆค่ะ นอกจากท่านจะเล่าย่อๆว่าใช้ทำอะไรแล้ว ท่านยังมีการให้ความเห็นไว้ด้วย

ส่วนแรกเป็นการเปรียบเทียบ 2 sequence ลิงค์ที่ท่านแนะนำไว้มี 8 ที่คือ

  • ALIGN  Query เป็นของ GENESTREAM SEARCH network server IGH Montpellier, France โดยใช้ sequence data อันนี้ ท่านอ.Dr. Kropinski ท่านบอกว่า output สวยดี (เอาไว้ลองแล้วจะมาเสริมสนับสนุนนะคะ หรือถ้าใครลองแล้วก็บอกกันบ้างนะคะ)
  • LALIGN อันนี้ของ EMBnet เอาไว้หา segment ย่อยๆที่ตรงกันของ 2 sequence โดยให้ผลเป็น % identity ของแต่ละส่วน
  • GraphAlin ของ Southwest Biotechnology & Informatics , U.S.A. ให้ผลทั้งกราฟฟิกและตัวเลข % identity ระหว่างโมเลกุลของโปรตีน, RNA หรือ DNA ก็ได้ด้วย
  • NdPASA
  • FFAS03
  • LALIGN/PLALIGN -
  • SIM 
  • Secondary Structure Element Alignment

 

หมายเลขบันทึก: 198997เขียนเมื่อ 6 สิงหาคม 2008 00:30 น. ()แก้ไขเมื่อ 21 มิถุนายน 2012 00:20 น. ()สัญญาอนุญาต: จำนวนที่อ่านจำนวนที่อ่าน:


ความเห็น (0)

ไม่มีความเห็น

พบปัญหาการใช้งานกรุณาแจ้ง LINE ID @gotoknow
ClassStart
ระบบจัดการการเรียนการสอนผ่านอินเทอร์เน็ต
ทั้งเว็บทั้งแอปใช้งานฟรี
ClassStart Books
โครงการหนังสือจากคลาสสตาร์ท