เรือพระที่นั่งนารายณ์ทรงสุบรรณรัชกาลที่ 9 เป็นเรือพระที่นั่งรอง(คือเรือพระที่นั่งลำที่สำรองไว้สำหรับเรือพระที่นั่งทรงเกิดชำรุด) สร้างขึ้นเมื่อปี พ.ศ.2537 ในวโรกาสที่พระบาทสมเด็จ พระเจ้าอยู่หัวทรงครองสิริราชสมบัติครบ 50 ปีในปี พ.ศ.2539 โดยพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ได้เสด็จพระราชดำเนินเป็นองค์ประธานในพิธีวางกระดูกงูเรือ ณ กรมอู่ทหารเรือ เมื่อ 5 กันยายน 2537 และสมเด็จพระบรมโอรสาธิราชฯ สยามมกุฎราชกุมาร เป็นผู้แทนพระองค์พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว เสด็จพระราชดำเนินทรงประกอบพิธีปล่อยเรือลงน้ำเมื่อ 5 เมษายน 2539 นับเป็นเรือพระที่นั่งลำแรกที่สร้างในรัชกาลปัจจุบัน โดยใช้ต้นแบบลำเดิมของเรือพระที่นั่งมงคลสุบรรณ ที่เป็นฝีมือช่างยุครัตนโกสินทร์ตอนต้น ในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว ซึ่งเดิมโขนเรือเป็นรูปครุฑยุดนาค จวบจนรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ได้ทรงมีพระราชดำริให้เสริมรูปพระนารายณ์ประทับยืนบนหลังพระยาสุบรรณ แล้วโปรดเกล้าให้ขนานนามเรือลำนี้ใหม่ว่า นารายณ์ทรงสุบรรณ เรือพระที่นั่งนารายณ์ทรงสุบรรณ รัชกาลที่ 9 ตัวเรือกว้าง 3.20 เมตร ยาว 44.30 เมตร กินน้ำลึก 1.10 เมตร น้ำหนัก 20 ตัน ใช้ฝีพาย 50 นาย เพื่อให้สอดคล้องกับวโรกาสที่ทรงครองสิริราชสมบัติครบ 50 ปี โดยกองทัพเรือเป็นผู้ดำเนินการสร้างในส่วนที่เป็นโครงสร้างของตัวเรือ พาย และ คัดฉาก ส่วนกรมศิลปากรจะดำเนินการในส่วนศิลปกรรมทั้งหมดของเรือ